The unipept pept2go command takes one or more tryptic peptides as input and returns a list of GO-terms for each of them as output. The GO-terms are all derived from the UniProt entries that contain the given peptide. All this information is fetched by doing API-requests to the Unipept server.

Input

The unipept pept2go command expects tryptic peptides as input. The source of this input can be command line arguments, a file, or standard input. If input is supplied using multiple sources at the same time, the order of priority as described above is used.

Command line arguments

If input is supplied using command line arguments, the peptides must be separated by spaces.

Example
$ unipept pept2go AALTER MDGTEYIIVK
peptide,total_protein_count,go_term,go_protein_count
AALTER,1425,GO:0003677 GO:0006351 GO:0005524 GO:0006355 GO:0016021 GO:0005622 GO:0004842 GO:0000160 GO:0008152 GO:0005737 GO:0016491 GO:0046872 GO:0016740 GO:0010181 GO:0003824 GO:0004647 GO:0006564 GO:0031177 GO:0003676 GO:0008270 GO:0005634 GO:0051536 GO:0005506 GO:0016887 GO:0016705 GO:0020037 GO:0000287 GO:0004497 GO:0003700 GO:0000981 GO:0000155 GO:0004386 GO:0005509 GO:0006281 GO:0008360 GO:0007049 GO:0051301 GO:0071555 GO:0016459 GO:0009252 GO:0042803 GO:0003779 GO:0043565 GO:0030170 GO:0016787 GO:0015299 GO:0003723 GO:0005886 GO:0046983 GO:0016829 GO:0102391 GO:0004467 GO:0008017 GO:0008168 GO:0016874 GO:0007018 GO:0004824 GO:0007165 GO:0006430 GO:0004527 GO:0006310 GO:0003777 GO:0009058 GO:0008765 GO:0004127 GO:0006220 GO:0004519 GO:0055085 GO:0043546 GO:0004816 GO:0005975 GO:0006421 GO:0006260 GO:0022857 GO:0003774 GO:0015562 GO:0004003 GO:0045454 GO:0003910 GO:0009306 GO:0018298 GO:0009055 GO:0005623 GO:0015035 GO:0015074 GO:0030288 GO:0003697 GO:0016987 GO:0004124 GO:0031419 GO:0017108 GO:0009432 GO:0016757 GO:0006535 GO:0044780 GO:0019518 GO:0008890 GO:0009279 GO:0000179 GO:0004523 GO:0006352 GO:0005829 GO:0033567 GO:0051539 GO:0051537 GO:0016301 GO:0042626 GO:1903026 GO:0051220 GO:0031564 GO:0051188 GO:0004815 GO:0016853 GO:0043773 GO:0051287 GO:0004672 GO:0038023 GO:0006457 GO:0006422 GO:0006563 GO:0002949 GO:0008299 GO:0004747 GO:0036086 GO:0009229 GO:0009228 GO:0006313 GO:0006284 GO:0009395 GO:0004222 GO:0005525 GO:0042558 GO:0019303 GO:0008565 GO:0003755 GO:0004300 GO:0015891 GO:0008705 GO:0006139 GO:0008763 GO:0061711 GO:0004018 GO:0031667 GO:0016020 GO:0030246 GO:0102567 GO:0102568 GO:0004830 GO:0004807 GO:0050897 GO:0004177 GO:0008483 GO:0050560 GO:0016627 GO:0016614 GO:0016620 GO:0030976 GO:0006436 GO:1990077 GO:0004623 GO:0016773 GO:0000398 GO:0006534 GO:0016788 GO:0050660 GO:0009612 GO:0030145 GO:0008235 GO:0030127 GO:0045261 GO:0003924 GO:0003911 GO:0102132 GO:0102131 GO:0015986 GO:0005869 GO:0005884 GO:0004553 GO:0009401 GO:0006268 GO:0006269 GO:0045010 GO:0034396 GO:0006886 GO:0006888 GO:0008658 GO:0033574 GO:0009030 GO:0006807 GO:0006950 GO:0005681 GO:0047480 GO:0004316 GO:0043005 GO:0046933 GO:0006094 GO:0006096 GO:0009152 GO:0031071 GO:0070696 GO:0035136 GO:0035137 GO:0006633 GO:0004019 GO:0004049 GO:0008408 GO:0030272 GO:0030259 GO:0008324 GO:0004812 GO:0004823 GO:0004803 GO:0004843 GO:0004849 GO:0052618 GO:0052619 GO:1901137 GO:0006777 GO:0006744 GO:0006751 GO:0004144 GO:0006783 GO:0004181 GO:0009877 GO:0097546 GO:0007120 GO:0007121 GO:0070449 GO:0015630 GO:0004665 GO:0051894 GO:0051897 GO:0004636 GO:0004635 GO:0050570 GO:0016616 GO:0050511 GO:0002023 GO:0006418 GO:0006429 GO:0017124 GO:0031411 GO:0031412 GO:0006396 GO:0097171 GO:0010467 GO:0009496 GO:0008173 GO:0008170 GO:0004620 GO:0000271 GO:0036374 GO:0004783 GO:0016772 GO:0016765 GO:0002161 GO:1901799 GO:0016779 GO:0050661 GO:0051991 GO:0031515 GO:0097367 GO:0051127 GO:0006571 GO:0051131 GO:0006541 GO:0005215 GO:0072092 GO:0035091 GO:0043531 GO:0006556 GO:0051103 GO:0032784 GO:0052381 GO:0008271 GO:0035860 GO:0009584 GO:0051082 GO:1901741 GO:0070205 GO:0008289 GO:0004751 GO:0016709 GO:0004416 GO:0004417 GO:0005794 GO:0004478 GO:0016429 GO:0015159 GO:0008863 GO:0102953 GO:0004494 GO:0008854 GO:0004499 GO:0030798 GO:0032434 GO:0048813 GO:0009231 GO:0009236 GO:0009234 GO:2000601 GO:0043190 GO:0015942 GO:0003994 GO:0000187 GO:0042823 GO:0000156 GO:0000166 GO:0000162 GO:0004518 GO:0008940 GO:0016567 GO:0051743 GO:0072671 GO:0008984 GO:0008965 GO:0016592 GO:0016579 GO:0008977 GO:0006306 GO:0006368 GO:0009312 GO:0009307 GO:0008033 GO:0000105 GO:0000147 GO:0005838 GO:0008083 GO:0008081 GO:0015774 GO:0006814 GO:0016209 GO:0006897 GO:0008615 GO:0004252 GO:0016226 GO:0060395 GO:0019243 GO:0044208 GO:0044206 GO:0044210 GO:0044211 GO:0030479 GO:0007275 GO:0009035 GO:0070569 GO:0010024 GO:0001104 GO:0006808 GO:0103068 GO:0006935 GO:0005615 GO:0008703 GO:0061799 GO:0016310 GO:0004325 GO:0015031 GO:0008757 GO:0040015 GO:0004360 GO:0005694 GO:0019432 GO:0008773 GO:0030674 GO:0000737 GO:0071949 GO:0048705 GO:0042597 GO:0060400 GO:0015821 GO:0003883,268 189 151 148 136 110 108 88 74 70 67 64 59 58 51 49 47 46 45 40 36 35 33 32 29 26 26 26 21 20 19 18 16 15 14 14 14 14 14 14 14 14 13 13 12 12 12 11 11 10 10 10 10 9 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 7 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
MDGTEYIIVK,4,GO:0006457 GO:0005737 GO:0005524,4 4 4

File input

Use the --input parameter to specify a file to use as input. If input is supplied using a file, a single peptide per line is expected.

Example
$ cat input.txt
AALTER
MDGTEYIIVK
$ unipept pept2go --input input.txt
peptide,total_protein_count,go_term,go_protein_count
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Standard input

If the command is run without arguments and no file is specified, unipept pept2go will read its input from standard input. When standard input is used, a single peptide per line is expected.

Example
$ cat input.txt
AALTER
MDGTEYIIVK
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Output

The unipept pept2go command outputs the list of associated EC-numbers for each of the (tryptic) input peptides that were found in the Unipept database. By default, the GO-term and peptide count are returned. By using the --all parameter, this can be supplemented with the name of the GO-term. Consult the API documentation for a detailed list of output fields. A selection of output fields can be specified with the --select parameter. By default, output is generated in csv format. By using the --format parameter, the format can be changed into json or xml. The output can be written to a file or to standard output.

File output

Use the --output parameter to specify an output file. If the file aready exists, the output will be appended to the end of the file.

$ unipept pept2go --output output.txt AALTER MDGTEYIIVK
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Standard output

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Example
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MDGTEYIIVK,4,GO:0006457 GO:0005737 GO:0005524,4 4 4

Fasta support

The unipept pept2go command supports input (from any source) in a fasta-like format (for example generated by the prot2pept command). This format consists of a fasta header (a line starting with a >), followed by one or more lines containing one peptide each. When this format is detected, the output will automatically include an extra information field containing the corresponding fasta header.

Example
$ cat input.txt
> header 1
AALTER
MDGTEYIIVK
> header 2
AALTER
$ unipept pept2go --input input.txt
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Command-line options

--equate / -e Equate isoleucine and leucine

If the --equate flag is set, isoleucine (I) and leucine (L) are equated when matching tryptic peptides to UniProt entries. This is similar to checking the Equate I and L? checkbox when performing a search in the Unipept web interface.

Example
$ unipept pept2go LLELGAPDLLVR
$ unipept pept2go --equate LLELGAPDLLVR
peptide,total_protein_count,go_term,go_protein_count
LLELGAPDLLVR,499,GO:0003899 GO:0003677 GO:0006351 GO:0007165,498 495 495 1

--input / -i Specify an input file

All Unipept CLI commands can process input from 3 sources: command line arguments, a file, or standard input. The optional --input option allows you to specify an input file. The file should contain a single peptide per line.

Example
$ cat input.txt
AALTER
OMGWTFBBQ
MDGTEYIIVK
$ unipept pept2go --input input.txt
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--output / -o Specify an output file

By default, the unipept commands write their output to standard output. Using the optional --output option allows you to specify a file to write the output to. If the file already exists, the output will be appended; if it doesn't, a new file will be created.

Example
$ unipept pept2ec --output output.txt AALTER
$ cat output.txt
peptide,total_protein_count,go_term,go_protein_count
AALTER,1425,GO:0003677 GO:0006351 GO:0005524 GO:0006355 GO:0016021 GO:0005622 GO:0004842 GO:0000160 GO:0008152 GO:0005737 GO:0016491 GO:0046872 GO:0016740 GO:0010181 GO:0003824 GO:0004647 GO:0006564 GO:0031177 GO:0003676 GO:0008270 GO:0005634 GO:0051536 GO:0005506 GO:0016887 GO:0016705 GO:0020037 GO:0000287 GO:0004497 GO:0003700 GO:0000981 GO:0000155 GO:0004386 GO:0005509 GO:0006281 GO:0008360 GO:0007049 GO:0051301 GO:0071555 GO:0016459 GO:0009252 GO:0042803 GO:0003779 GO:0043565 GO:0030170 GO:0016787 GO:0015299 GO:0003723 GO:0005886 GO:0046983 GO:0016829 GO:0102391 GO:0004467 GO:0008017 GO:0008168 GO:0016874 GO:0007018 GO:0004824 GO:0007165 GO:0006430 GO:0004527 GO:0006310 GO:0003777 GO:0009058 GO:0008765 GO:0004127 GO:0006220 GO:0004519 GO:0055085 GO:0043546 GO:0004816 GO:0005975 GO:0006421 GO:0006260 GO:0022857 GO:0003774 GO:0015562 GO:0004003 GO:0045454 GO:0003910 GO:0009306 GO:0018298 GO:0009055 GO:0005623 GO:0015035 GO:0015074 GO:0030288 GO:0003697 GO:0016987 GO:0004124 GO:0031419 GO:0017108 GO:0009432 GO:0016757 GO:0006535 GO:0044780 GO:0019518 GO:0008890 GO:0009279 GO:0000179 GO:0004523 GO:0006352 GO:0005829 GO:0033567 GO:0051539 GO:0051537 GO:0016301 GO:0042626 GO:1903026 GO:0051220 GO:0031564 GO:0051188 GO:0004815 GO:0016853 GO:0043773 GO:0051287 GO:0004672 GO:0038023 GO:0006457 GO:0006422 GO:0006563 GO:0002949 GO:0008299 GO:0004747 GO:0036086 GO:0009229 GO:0009228 GO:0006313 GO:0006284 GO:0009395 GO:0004222 GO:0005525 GO:0042558 GO:0019303 GO:0008565 GO:0003755 GO:0004300 GO:0015891 GO:0008705 GO:0006139 GO:0008763 GO:0061711 GO:0004018 GO:0031667 GO:0016020 GO:0030246 GO:0102567 GO:0102568 GO:0004830 GO:0004807 GO:0050897 GO:0004177 GO:0008483 GO:0050560 GO:0016627 GO:0016614 GO:0016620 GO:0030976 GO:0006436 GO:1990077 GO:0004623 GO:0016773 GO:0000398 GO:0006534 GO:0016788 GO:0050660 GO:0009612 GO:0030145 GO:0008235 GO:0030127 GO:0045261 GO:0003924 GO:0003911 GO:0102132 GO:0102131 GO:0015986 GO:0005869 GO:0005884 GO:0004553 GO:0009401 GO:0006268 GO:0006269 GO:0045010 GO:0034396 GO:0006886 GO:0006888 GO:0008658 GO:0033574 GO:0009030 GO:0006807 GO:0006950 GO:0005681 GO:0047480 GO:0004316 GO:0043005 GO:0046933 GO:0006094 GO:0006096 GO:0009152 GO:0031071 GO:0070696 GO:0035136 GO:0035137 GO:0006633 GO:0004019 GO:0004049 GO:0008408 GO:0030272 GO:0030259 GO:0008324 GO:0004812 GO:0004823 GO:0004803 GO:0004843 GO:0004849 GO:0052618 GO:0052619 GO:1901137 GO:0006777 GO:0006744 GO:0006751 GO:0004144 GO:0006783 GO:0004181 GO:0009877 GO:0097546 GO:0007120 GO:0007121 GO:0070449 GO:0015630 GO:0004665 GO:0051894 GO:0051897 GO:0004636 GO:0004635 GO:0050570 GO:0016616 GO:0050511 GO:0002023 GO:0006418 GO:0006429 GO:0017124 GO:0031411 GO:0031412 GO:0006396 GO:0097171 GO:0010467 GO:0009496 GO:0008173 GO:0008170 GO:0004620 GO:0000271 GO:0036374 GO:0004783 GO:0016772 GO:0016765 GO:0002161 GO:1901799 GO:0016779 GO:0050661 GO:0051991 GO:0031515 GO:0097367 GO:0051127 GO:0006571 GO:0051131 GO:0006541 GO:0005215 GO:0072092 GO:0035091 GO:0043531 GO:0006556 GO:0051103 GO:0032784 GO:0052381 GO:0008271 GO:0035860 GO:0009584 GO:0051082 GO:1901741 GO:0070205 GO:0008289 GO:0004751 GO:0016709 GO:0004416 GO:0004417 GO:0005794 GO:0004478 GO:0016429 GO:0015159 GO:0008863 GO:0102953 GO:0004494 GO:0008854 GO:0004499 GO:0030798 GO:0032434 GO:0048813 GO:0009231 GO:0009236 GO:0009234 GO:2000601 GO:0043190 GO:0015942 GO:0003994 GO:0000187 GO:0042823 GO:0000156 GO:0000166 GO:0000162 GO:0004518 GO:0008940 GO:0016567 GO:0051743 GO:0072671 GO:0008984 GO:0008965 GO:0016592 GO:0016579 GO:0008977 GO:0006306 GO:0006368 GO:0009312 GO:0009307 GO:0008033 GO:0000105 GO:0000147 GO:0005838 GO:0008083 GO:0008081 GO:0015774 GO:0006814 GO:0016209 GO:0006897 GO:0008615 GO:0004252 GO:0016226 GO:0060395 GO:0019243 GO:0044208 GO:0044206 GO:0044210 GO:0044211 GO:0030479 GO:0007275 GO:0009035 GO:0070569 GO:0010024 GO:0001104 GO:0006808 GO:0103068 GO:0006935 GO:0005615 GO:0008703 GO:0061799 GO:0016310 GO:0004325 GO:0015031 GO:0008757 GO:0040015 GO:0004360 GO:0005694 GO:0019432 GO:0008773 GO:0030674 GO:0000737 GO:0071949 GO:0048705 GO:0042597 GO:0060400 GO:0015821 GO:0003883,268 189 151 148 136 110 108 88 74 70 67 64 59 58 51 49 47 46 45 40 36 35 33 32 29 26 26 26 21 20 19 18 16 15 14 14 14 14 14 14 14 14 13 13 12 12 12 11 11 10 10 10 10 9 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 7 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

--select / -s Specify the output fields

By default, the Unipept CLI commands output all information fields received from the Unipept server. The --select option allows you to control which fields are returned. A list of fields can be specified by a comma-separated list, or by using multiple --select options. A * can be used as a wildcard for field names. For example, --select peptide,taxon* will return the peptide field and all fields starting with taxon.

Example
$ unipept pept2go --select peptide,go_term AALTER
go_term,peptide
GO:0003677 GO:0006351 GO:0005524 GO:0006355 GO:0016021 GO:0005622 GO:0004842 GO:0000160,AALTER
$ unipept pept2go --select peptide --select *term AALTER
go_term,peptide
GO:0003677 GO:0006351 GO:0005524 GO:0006355 GO:0016021 GO:0005622 GO:0004842 GO:0000160,AALTER

--format / -f Specify the output format

By default, the Unipept CLI commands return their output in csv format. The --format option allows you to select another format. Supported formats are csv, json, and xml.

Example
$ unipept pept2go --format json AALTER MDGTEYIIVK
[{"go":[{"go_term":"GO:0003677","protein_count":268},{"go_term":"GO:0006351","protein_count":189},{"go_term":"GO:0005524","protein_count":151},{"go_term":"GO:0006355","protein_count":148},{"go_term":"GO:0016021","protein_count":136},{"go_term":"GO:0005622","protein_count":110},{"go_term":"GO:0004842","protein_count":108},{"go_term":"GO:0000160","protein_count":88}],"peptide":"AALTER","total_protein_count":1425},{"go":[{"go_term":"GO:0006457","protein_count":4},{"go_term":"GO:0005737","protein_count":4},{"go_term":"GO:0005524","protein_count":4},{"go_term":null,"protein_count":null},{"go_term":null,"protein_count":null},{"go_term":null,"protein_count":null},{"go_term":null,"protein_count":null},{"go_term":null,"protein_count":null}],"peptide":"MDGTEYIIVK","total_protein_count":4}]
$ unipept pept2go --format xml AALTER MDGTEYIIVK
<results><result><go><item><go_term>GO:0003677</go_term><protein_count>268</protein_count></item><item><go_term>GO:0006351</go_term><protein_count>189</protein_count></item><item><go_term>GO:0005524</go_term><protein_count>151</protein_count></item><item><go_term>GO:0006355</go_term><protein_count>148</protein_count></item><item><go_term>GO:0016021</go_term><protein_count>136</protein_count></item><item><go_term>GO:0005622</go_term><protein_count>110</protein_count></item><item><go_term>GO:0004842</go_term><protein_count>108</protein_count></item><item><go_term>GO:0000160</go_term><protein_count>88</protein_count></item></go><peptide>AALTER</peptide><total_protein_count>1425</total_protein_count></result><result><go><item><go_term>GO:0006457</go_term><protein_count>4</protein_count></item><item><go_term>GO:0005737</go_term><protein_count>4</protein_count></item><item><go_term>GO:0005524</go_term><protein_count>4</protein_count></item><item><go_term></go_term><protein_count></protein_count></item><item><go_term></go_term><protein_count></protein_count></item><item><go_term></go_term><protein_count></protein_count></item><item><go_term></go_term><protein_count></protein_count></item><item><go_term></go_term><protein_count></protein_count></item></go><peptide>MDGTEYIIVK</peptide><total_protein_count>4</total_protein_count></result></results>        

--all / -a Request additional information

By default, the Unipept CLI commands only request basic information from the Unipept server. By using the --all flag, you can request additional information fields such as the lineage of the returned taxa. You can use the --select option to select which fields are included in the output.

Performance penalty

Setting --all has a performance penalty inferred from additional database queries. Do not use this option unless the extra information fields are strictly needed.

Example
$ unipept pept2go --all --select peptide,go_term,*name AALTER
go_term,go_name,peptide
GO:0003677 GO:0006351 GO:0005524 GO:0006355 GO:0016021 GO:0005622 GO:0004842 GO:0000160,"DNA binding transcription, DNA-templated ATP binding regulation of transcription, DNA-templated integral component of membrane intracellular ubiquitin-protein transferase activity phosphorelay signal transduction system",AALTER

--help / -h Display help

This flag displays the help.